De Google Pixel Graphenos is veilig door een sterke focus op privacy en beveiliging. Het toestel ontvangt regelmatige beveiligingsupdates en maakt gebruik van een beveiligde hardware-omgeving voor gevoelige gegevens. Met een op maat gemaakte versie van Android biedt het extra beveiligingslagen, zoals encryptie en strikte app-beveiliging. Google hanteert ook strikte richtlijnen voor apps in de Play Store, wat bijdraagt aan een veilige omgeving. Deze elementen maken de Google Pixel Graphenos een van de veiligste smartphones.